Dana Scully ja Fox Mulder ovat kaksi FBI:n erikoisagenttia, jotka saavat tehtäväkseen selvittää X-arkiston tapauksia eli ihmisten raportoimia yliluonnollisia ja selittämättömiä tapahtumia. Scully, entinen lääketieteen tohtori, ja Mulder, psykologian kandidaatti, edustavat erilaisia lähestymistapoja ilmiöiden tutkimiseen. Mulder uskoo vakaasti yliluonnollisiin voimiin ja salaliittoihin, kun taas Scully pyrkii löytämään tapauksille järkevät selitykset ja työskentelee tieteellisellä otteella.
Scullyn ja Mulderin välillä vallitsee kuitenkin tiivis ystävyys ja kunnioitus toisiaan kohtaan. Heidän erilaiset näkemyksensä tuovat kiinnostavan jännitteen sarjaan, kun he yhdessä ratkovat tapauksia ja seuraavat jälkiä ympäri maailmaa. Heidän suhteessaan korostuu myös erittäin tärkeä elementti: luottamus. Scully ja Mulder luottavat toisiinsa sokeasti, ja tämä auttaa heitä selviytymään vaikeista tilanteista ja paljastamaan totuuden.
X-Filesin pimeänä sävytenä toimii salaliittoteoriat ja hallituksen salaiset projektit. Sarjassa esiintyy toistuvasti korruptoituneita viranomaisia ja muita auktoriteetteja, jotka pyrkivät vaientamaan Scullya ja Mulderia ja estämään heitä paljastamasta totuutta. Sarjan edetessä selviää, että hallitus ja muut suurvaltat toimivat yhteistyössä tavoitteenaan piilottaa totuus ulkopuolisilta.
Metsästys on myös yksi keskeisistä teemoista X-Filesissa. Scully ja Mulder ovat jatkuvasti matkalla ja etsivät vastauksia eri puolilta Yhdysvaltoja. Heillä on käytössään erilaisia välineitä, kuten tutkimuslaboratorio, jolla he pystyvät analysoimaan löytämiään näytteitä. He joutuvat kuitenkin jatkuvasti pakenemaan vaarallisia tilanteita ja pimentoon jääneet salaiset käsikirjoitukset ja maanalaiset kompleksit ovat heidän jäljillään. He ovat yksinäisiä samuraita, jotka pyrkivät seuraamaan totuutta.
X-Filesin neljä ensimmäistä kautta olivat suuria menestyksiä ja sarja vaikutti moniin katsojiin syvästi. Sarjan loppupuolella paljastui, että Scully ja Mulder olivat osa suurempaa ja pimeämpää kokonaisuutta, jonka tutkiminen vei heidät vielä syvemmälle totuuden ytimeen. Vaikka sarjassa epäonnistutaan usein, Scully ja Mulder jatkavat silti tapausten ratkomista, sillä he tietävät, että jokaisen palasen löytäminen on askel lähemmäksi totuutta.
Vaikka X-Files on hämmentävä ja synkkä, se muistuttaa myös siitä, että totuuden löytäminen on tärkeää ja että maailmamme on täynnä mysteereitä ja salaisuuksia, jotka odottavat paljastamista. Sarja vetoaa katsojan mielikuvitukseen ja tarjoaa jännittävän seikkailumatkan salaisuuksiin.
Lopuksi, Scully ja Mulder edustavat yhteistyötä, luottamusta ja jatkuvaa epäilyä. Heidän tarinansa muistuttaa meitä siitä, että totuutta tulee etsiä ennakkoluulottomasti, ja että ystävyys ja luotettavuus ovat arvokkaita ominaisuuksia matkalla kohti pimeän totuuden paljastamista. X-Filesiin kääntyminen vie katsojat mukaansa mysteerien ja salaliittojen maailmaan, joka saa aikaan kylmiä väreitä, mutta myös herättää uteliaisuuden löytää totuuden pimeät salaisuudet.