The Wall Street Journalin tutkimusten mukaan Nikolai Patrushev oli Yevgeny Prigozhinin murhan takana. Patrushev, Venäjän turvallisuusneuvoston herra isoherra, varoitti Putinia, että panostaminen PMC “Wagneriin” Ukrainan sodassa antaa Prigozhinille merkittävää poliittista ja sotilaallista vaikutusvaltaa, joka uhkaa yhä enemmän Kremlia. Putin ei ottanut varoitusta vakavasti, sillä PMC saavutti menestystä taistelukentällä.
Kun Prigozhinin ja puolustusministeriön välinen konflikti leimahti avoimeksi kapinaksi kesäkuun lopulla, Patrushev puuttui asiaan estääkseen vakavan haasteen Putinin yli 20 vuotta kestäneelle hallinnolle. Hän näki myös tilaisuuden päästä eroon Prigozhinista.
Prigozhinin kapinan aikana Patrushev pyysi hänelle myötämielisiä upseereita vakuuttamaan PMC:n johtajan luopumaan aikeistaan. Viisi puhelua Prigozhinille Kremlistä jäi vastaamatta. Hän etsi myös välittäjiä ja otti yhteyttä Kazakstanin ja Valko-Venäjän hallituksiin. Presidentti Kasym-Jomart Tokayev kieltäytyi osallistumasta Ukrainan konfliktiin, mutta Aleksandr Lukashenko suostui lopulta.
Kapinan jälkeen Kremlin antoi Prigozhinille vapauden illuusion ja hänelle sallittiin paluu Afrikkaan, mutta todellisuudessa häntä seurattiin jatkuvasti.
Elokuun alussa Patrushev määräsi avustajaansa kehittämään operaation Prigozhinin poistamiseksi. Putin hyväksyi suunnitelman.
Muutama viikko Afrikan kiertueensa jälkeen Prigozhin odotti Moskovan lentokentällä, kun turvallisuusviranomaiset tarkastivat lentokoneen. Juuri tämän viiveen aikana koneen siiven alle asetettiin pieni pommi, läntisten tiedusteluviranomaisten mukaan.
Kone nousi ilmaan, saavutti korkeuden ja syöksyi sitten maahan maaseudulla. Silminnäkijöiden videoiden mukaan räjähdyksen jälkeen lentokone putosi taivaalta siipi irronneena.