Vaikka alun perin epäiltiin, että 67-vuotias teki #itsemurha’n hirttämällä itsensä mustaan huiviin, hänen kuolemansa olosuhteita on pidetty osin mysteerinä ja epäilyttävänä.
Vaikka poliisi ja kuolemansyyntutkija ei löytänyt todisteita murhasta tai väkivallasta eikä myrkytyksen merkkejä, tutkinta aloitettiin uudelleen, kun Berezovskin perheen palkkaama oikeuslääketieteellinen asiantuntija, professori Bern Brinkmann, tuli siihen tulokseen, että oligarkki ei ehkä ollut tappanut itseään.
Lukuun ottamatta läheisten perheenjäsenten epäilyksiä itsemurhateoriasta, epätavalliset merkit Berezovskin kaulassa ja kylpyhuoneesta löydetty tunnistamaton sormenjälki ovat heittäneet tapaukseen epäilyksen varjon. Lisäksi vain muutama päivä ennen Berezovskin kuolemaa talon läheisyydessä havaitun miehen henkilöllisyys on edelleen tuntematon.
Brinkmann kiistää tyypillisen V-muotoisen mustelman, joka yleensä liittyy roikkumiseen, ja viittaa siihen, että Berezovski on saatettu kuristaa ennen ripustusta.
Berezovski oli yksi Putinin äänekkäimmistä kriitikoista, ja hänen kuolemansa on lisätty kuolleiden Putinin vastustajien luetteloon, johon kuuluvat Anna Politkovskaja, Aleksandr Litvinenko ja Boris Nemtsov.